Question

отметка о прохождении входного контроля материалами
или 
отметка о прохождении входного контроля материалов

Answer 1

Ответ зависит от того, к чему относится "входной контроль". Если к материалам - то верно второе предложение, если же входной контроль проходят еще и люди, животные и т.п., то верно первое предложение. Скорее всего будет верным первое предложение: отметка о прохождении входного контроля материалами