Question

К какому падежу относится существительные в предложении:"Единственное дерево- саксаул".

Answer 1

Дерево - сущ., Именительный падеж
Саксаул - сущ., Именительный падеж
В данном предложении все  существительные в И. п. :) 

Answer 2

Оба существительных (и дерево, и саксаул)  в данном предложении в Именительном падеже. 
Даже  поэтому согласно правилу  между ними стоит тире.
Ответ: Именительный падеж.