Question

как обозначить орфограмму?

Answer 1

Это зависит от вида орфограммы. 
Например, безударная гласная в корне подчеркивается одной чертой, выделяется корень и ставится ударение. если слово проверяемое, пишем проверочное слово, выделяем корень, ставим ударение и подподчеркиваем двумя чертами, если непроверяемое, то пишем "словарное слово". 
Если орфограмма в приставке, выделяем приставку, подчеркиваем гласный или согласный и поясняем в зависимости от орфограммы. 

Answer 2

Орфограмма - это определенное написание слова, основанное на правилах русского языка. Проще говоря, если вы сомневаетесь, как написать слово, а это происходит, если буква или сочетание букв находятся в слабой позиции, то вы имеете дело с орфограммой. 
Например, написание, основанное на различении глухих и звонких парных согласных в корне или в конце слова. Для того чтобы правильно написать это слово, нужно изменить форму или подобрать однокоренное слово, чтобы буква оказалась в сильной позиции.
Например, в слове "дуб" вы выделяете корень слова (в данном случае это будет все слово) и видите, что буква Б находится в слабой позиции, так как слышится парный ей согласный П. 
Следовательно, это написание необходимо проверять, то есть эта буква является орфограммой. Вам нужно подчеркнуть букву Б, выделить корень в слове. Так вы выделите орфограмму. Она называется "Написание глухих согласных в корне слова