Question

почему в догосударственный период бог грома и молнии перун был главным у славян

Answer 1

Смею предположить что славяне были угнетаемый народ и держали их под страхом наказаний. Наказывал их соответственно главный и поскольку он мог их наказывать, то им ничего другого не оставалось как объявить его оным.