Question

что сделать чтобы между атеистом и верующим не произошол конфликт?

Answer 1

Не спорить о религии

Answer 2

Так как атеист не верит в Бога, а верующий верит, то конфликт будет возникать из-за религии. 
Пусть атеист не задевает верующего, а верующий, атеиста. Один будет верить, другой нет. Достаточно только не заводить разговор о религии.