Question

почему в транскрипции никогда не пишуться е,ё,ю,я

Answer 1

В транскрипции всегда пишут только звуки.
А таких звуков, как "е", "ё", "ю", "я" - нет. Произношение данных букв состоит из нескольких звуков.
То есть, данные буквы "распадаются" на несколько звуков.

Например:

Буква "е"
Говорим "йе".

Буква "ё"
Говорим "йо"


Буква "ю"
Говорим "йу"

Буква "я"
Говорим "йа"

Answer 2

Потому что данные буквы обозначают:
1 случай: в начале слова, после гласной, перед ь, после ъ они обозначают два звука, поэтому записываются как: [й'э], [й'о], [й'у], [й'а].
2 случай: буквы обозначают один звук и указывают на мягкость согласного, стоящего перед ними. Например: вера- транскрипция [в'эра], гласная е указывает на мягкость согласной в.