Question

почему люди во все времена боролись с инакомыслящими

Answer 1

Потому что все привыкли жить по копирку, жить так " как все живут" 
Есть даже такое выражение " Живём, как все! Не лучше и не хуже других" 
Инакомыслящие - значит , мыслящие иначе, ни так как все. У таких людей суждения и мысли идут в разрез с мнением большинства. У них могут быть другие представления о морали. 
Существовал такой лозунг " Кто не с нами, тот против нас!" 
Яркие примеры инакомыслящих ,это первые учёные, которые утверждали, например, что земля круглая и  не стоит на трёх китах, или трёх черепахах .
 Например , Джордано Бруно можно считать инакомыслящим. Он был сожжён на костре за свою взгляды, за то, что думал ни так как все.
В более позднее время, многие писатели и поэты отбывали ссылку , в некоторой мере за инакомыслие. Иметь своё мнение раньше было очень опасно и чревато последствиями!
Власть всегда боялась таких людей, так как такие люди ведут за собой народ! Рушат наши представления , меняют наши взгляды! Власть боится быть свергнутой! Власть боится потерять власть! 
Сейчас , конечно, ситуация в корне изменилась.